アークレイ山地猟奇事件（『バイオハザード0』。以降『0』）や洋館事件（『1』）から2ヶ月経ったラクーンシティには、惨劇が巻き起こっていた。その頃、新たにラクーン市警(R.P.D.)に配属されるレオン・S・ケネディと、ラクーン市から消息を絶った兄のクリス・レッドフィールドの行方を追う妹のクレア・レッドフィールドは、それぞれラクーンシティを目指していた。
プレイヤーはレオンとクレアを操作して、壊滅状態となったラクーンシティからの脱出を目的とする。
裏シナリオでSランクを取ると、隠しシナリオである『The 4th Survivor』（以降『T4S』）が出現する。また、表→裏→表→裏→表→裏と3巡以上クリアし、なおかつ『T4S』が既に出現していれば、『The 豆腐 Survivor』（以降『T豆S』）がプレイ可能になる。
ちなみに、『T豆S』の主人公「豆腐」はその名の通り豆腐を思わせる姿、コミカルな足音、そして関西弁を喋るという異質なキャラクターが人気を呼んだ。
テレビ用コマーシャルはゾンビ映画の巨匠ジョージ・A・ロメロが監督し、レオン役として当時人気俳優だったブラッド・レンフロが出演した。
ザッピングシステムの採用
前作『1』同様に2人の主人公が存在するが、一度クリアすることで、ゲーム開始時に選択しなかった方の主人公の物語である『裏シナリオ』をプレイ可能なセーブデータを作成することができる（最初に選んだ方は『表シナリオ』と呼ばれる）。表シナリオでの行動の一部が、裏シナリオでの行動の一部に影響を及ぼす（有利なもの、不利なものの両方がある。ストーリーそのものに及ぼす影響はない）。裏シナリオをクリアーすると表シナリオで開始できるセーブデータを作成でき、コスチュームチェンジなどのおまけ要素を引き継ぐことができる（結果としてセーブデータは4つ存在する）。
一度開けたはずの鍵をまた開けなければならなかったり、取ったはずのアイテムが同じ場所に置かれていたりするなどの矛盾が指摘されるが、表に対し裏はパラレルという位置付け（アスペクトより発売された『バイオハザード2公式ガイドブック』の開発スタッフインタビューより）であるため、これは矛盾とは言えない。
難易度選択が可能
『1』の難易度が高いと批判されたため、本作では難易度選択が可能になった。「EASY」であれば、敵の耐久力が低い、最初からハンドガンの弾をたくさん持っているなどのメリットがある。ただし、おまけ要素が出現しないというデメリットもある。デュアルショックVer.では、更に多彩な難易度でプレイ可能になっている（後述）。
武器の改造が可能
レオン編のみ、所持武器に対応したカスタムパーツを組み合わせることで武器を強化出来る。
声優がネイティブの役者に
『1』における登場人物の声は日本人が英語で吹き替えていたが、本作品よりネイティブの役者に変更された。
キャラ性能の平均化
全キャラ通じて体力が一定となった（豆腐は除く）。ただし、歩行速度は若干違っており、シェリーは他の人物より足が遅い。
ダメージモーション
体力が一定まで低下すると、背を曲げて腹部を抱えたり足を引き摺りながら移動するダメージモーションが加わった。瀕死状態では移動速度が大幅に低下する。
デュアルショックVer.、ゲームキューブ版の変更点
おまけゲームの追加
本編とは無関係の『エクストリームバトル』というおまけゲームが追加されている。使用可能な登場人物はレオン、クレア、エイダ、そして『1』のクリス。ある条件を満たせばプレイできるようになる。
ゲームの目的は研究所からR.P.D.へ向かい、署内に配置された4つの対ウイルス爆弾を回収すること。3段階の難易度（レベル）でプレイでき、レベルが高いほどG第4形態などの強敵が多数配置され、さらにレベル3ではクリーチャーの攻撃力が激増する。各種アイテムやクリーチャーの配置はランダム（一部例外あり）。
デュアルショックへの対応
タイトル通りの対応。コントローラ振動機能を用いた演出が楽しめる。
アレンジ難易度の追加
北米版の難易度（自動照準無し、敵の配置変更、敵の攻撃力・耐久力上昇）でプレイできる「U.S.A」モードと、最初から隠し武器が出現し、初期装備が無限サブマシンガンに変更され、更にアイテムボックスに救急スプレーが3つと無限ガトリングガンや無限ロケットランチャーが用意された「ROOKIE」モードが追加されている。なお、セーブデータは通常のセーブデータとは互換性が無い、アレンジ難易度専用のデータとなる。
裏コマンドの追加
キーコンフィング画面であるコマンドを入力すると、全ての武器の弾数が無限（∞）になる（元々弾数が無いナイフでも「∞」と表示され、火炎放射器やスパークショットの使用回数も同様になる）。ゲームモードに関係無く使用可能。どうしてもクリアできない人への救済措置。
ロール ラズベリ ジュニア つじばしゃ リンドウ ツーショット MIX サイバー ジオン ショート ネクトン タイムカプ 大和撫子 ダッフ マタニテ みなのがわ モットー アクア フレクター リッパ 新緑 ハイパー ひろさき ジョン 春夏秋冬 スライン じゅんぼ スンデ ピストル 大和 フィブロ はしげた カバロール ユーモア ネス メロデ イヌコ シリビン メラノ タニリ スパイシー 決意 はちりゅ ピンハ マテバ 飛騨紅 ルース べびーぽ テクス クロロキン
ニンテンドウ64版の変更点
EXファイルの追加
当時開発中だった『バイオハザード0』のレベッカの報告書や、とある小説家の遺書などが追加。
ランダムモード
アイテムの位置がランダムに変更される。
操作方法を変更可能
従来のラジコン操作をアナログ操作（『スーパーマリオ64』や『メタルギアソリッド』などに近い操作性）に変更できるようになった。
血の色の変更可能
青、緑、赤より選択可能。
ボウガンの仕様が変更
無限だった装弾数が有限になった。
裏コマンドの追加
おまけ要素である隠し武器や隠しシナリオを出現させることができるコマンドが存在する。
隠しコスチュームが一新
レオン・クレア共に隠しコスチュームが一新されている。
Windows 95/98版の変更点
デュアルショックVer.を元に移植されており、コントローラ振動機能を用いた演出以外は全て使用可能（ゲームをクリアする必要は無い）。
キャラクターやオブジェクトがより鮮明に
背景こそ従来機種の荒い表示のままだが、キャラクターやオブジェクトのテクスチャマッピングが見直され、640ドット×480ラインの解像度に最適化した鮮明なものとなった。補間も違和感の少ない、自然なものとなっている。解像度を320ドット×240ラインに落としたり、画面演出を簡略化するなど、ビデオカードの性能に合わせた柔軟な調整も可能。
画面演出の途中スキップ
ドアの開放やハシゴの昇降の画面演出を、途中でスキップ可能。
CD-ROM内に特別なセーブデータを収録
ゲーム起動前に手動でHDD内にコピーして読み取り属性を外す必要があるが、アイテムボックスに弾数無限仕様のサブマシンガン、ロケットランチャー、ガトリングガンの入った、難易度EASYのセーブデータがCD-ROM内に収録されている。裏コマンドと同じく、どうしてもクリアできない人への救済措置。
EAXへの対応
修正プログラムVer.2.00で対応。
「ギャラリー」の追加
オープニングなどのイベントムービー、キャラクターのCGモデル、開発資料などが起動メニューから閲覧可能。ゲームのクリア状況に伴い、数が増えていく。
ドリームキャスト版の変更点
Windows 95/98版を元に移植されており、最強セーブデータ以外は全て使用可能。なお、弾数無限化も可能だが、コマンド等がデュアルショックVer.と異なり、下記の「NIGHTMARE MODE」の裏編をクリアすると表示される。
アレンジ難易度に「NIGHTMARE MODE」の追加
敵の攻撃力と耐久力が北米版より上がっている（特にゾンビの強化が著しく、クリティカルが出なければハンドガンによる攻撃が十数発は必要、よろめかせるのも一苦労で、さらに通常噛みつき5回でプレイヤーキャラが死亡してしまう）、強力な武器の入手弾数が減っている、隠し武器を入手できない等の違いがある。